Когда настало время кончины аввы Агафона, он пребывал три дня без движения, смотря открытыми глазами в одном направлении. Братья толкнули его, сказав:
— Авва! Где ты?
Он отвечал:
— Стою перед судом Божьим.
Братья сказали ему:
— Отец! Неужели и ты боишься?
Он отвечал:
— Хотя я старался всеми силами исполнять заповеди Божии, но я человек, и не знаю, угодны ли дела мои Богу.
Братья сказали:
— Неужели ты не уверен, что дела твои благоугодны Богу?
Старец ответил:
— Невозможно удостовериться мне в этом прежде, нежели предстану пред Богом: потому, что иной суд Божий и иной — человеческий.
Когда братья хотели ещё что-то спросить, он сказал им:
— Окажите любовь, не говорите со мной, потому что я занят.
Сказав это, он немедленно испустил дух с радостью. Братья видели, что он скончался, как бы приветствуя своих возлюбленных друзей.